Le seppuku (littéralement “découpe de la poitrine”), est l'acte de suicide rituel. Le seppuku est un moyen pour un samurai d'expier un échec ou un déshonneur. Accomplir la cérémonie de suicide avec succès nettoie le nom du samurai du déshonneur qui l'accablait, bien que cela ne se produise que de manière posthume.

Le seppuku n'est pas pris à la légère et se produit rarement. Vu que les samurai sont les serviteurs de leur seigneur, ils ont besoin de sa permission pour commettre le seppuku.

Accomplir ce rituel sans permission est un acte extrême de dénonciation envers les actions d'un maître déshonorable, que l'on appelle un kanshi. Et dans ce cas précis, le déshonneur du samurai n'est pas lavé. Au lieu de ça, cela implique que le samurai ne pouvait plus supporter de servir son seigneur à cause de la honte qu'il endurait à être sous ses ordres.

Le seppuku est accompli avec un wakizashi, le symbole de l'honneur d'un samurai. Normalement, c'est le propre wakizashi du samurai qui est utilisé, mais son supérieur peut lui en offrir un autre à la place.

Se voir offrir le wakizashi ancestral d'une lignée ou d'un clan est une très forte démonstration de pardon à l'égard du samurai. A l'inverse se voir offrir une épée de bois est une insulte très grave, insinuant que le samurai n'est pas sincère dans sa requête ou qu'on l'estime trop couard pour accomplir la cérémonie avec succès.

Typiquement, le samurai passe un jour dans un temple à écrire des poèmes, des haiku, et des lettres à ceux qu'il chérit. A la fin de la journée, il se baigne et s'habille d'un kimono blanc pour se préparer au rituel.

Le samurai se voit préparer son repas préféré, et lorsqu'il a terminé de le manger, son épée est posée devant lui. Il présente éventuellement son dernier haiku à ceux qui assistent à la cérémonie.

Son kaishakunin (la personne qui va l'assister pendant le suicide) s'avance derrière lui alors qu'il ouvre son kimono et prend son épée. Le samurai tient l'épée par la lame avec un morceau d'étoffe pour qu'il ne se coupe pas la main et ne perde pas sa prise sur la lame. Ensuite, il la plonge dans son abdomen, faisant une découpe de la gauche vers la droite.

Le kaishakunin accomplit alors le kaishaku : il décapite le samurai d'un geste net. La précision nécessaire pour une telle manœuvre est telle que le kaishakunin est généralement choisi parmi les épéistes expérimentés de l'entourage du samurai. D'ordinaire, le samurai et le kaishakunin débâtent ensemble avant la cérémonie du moment précis où celui-ci portera le kaishaku.

Le seppuku est souvent proposé au samurai comme alternative à une exécution publique bien plus humiliante : avoir le privilège de pouvoir s’ôter la vie de façon rituelle plutôt que laisser un bourreau vous couper la tête publiquement est un grand honneur, que l'on propose exclusivement à un samurai.

Refuser d'accomplir le seppuku lorsqu'on lui ordonne (ou qu'on lui propose) signifie que le samurai ne se repend pas de ses actes, et si la justice le lui permet, son nom lui sera alors arraché et il deviendra un ronin. Dans la société Rokugani, être forcé à vivre avec un tel déshonneur est souvent bien plus vicieux que la douleur ou la mort.

Si un enfant est trop jeune pour se tuer lui-même afin d'honorer la demande d'un daimyo, ses parents doivent tuer leur propre enfant avant d'accomplir eux-même le seppuku.

Quand un enfant peut accomplir le rituel, on lui permet d'accomplir une forme différente de suicide nommée jigai, qui consiste à se découper les veines principales au niveau du cou avec un couteau, ou à se plonger un couteau directement dans le cœur. Quand une épouse n'a pas le courage suffisant pour commettre le seppuku, on l'autorisera en général à accomplir le jigai à la place.